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Etwa 1992 wurden die 5,25-Zoll-Disketten durch 3,5-Zoll-Disketten abgelöst. Sie wurden beidseitig beschrieben und hatten eine Kapazität von anfangs 720 kB, dann 1,44 MB. Zuletzt kamen Disketten mit 2,88 MB Kapazität auf den Markt, die aber ungebräuchlich blieben.

Diskettentyp Double Density (DD) High Density (HD) Extra High Density (ED)
unformatierte Kapazität 1 MByte 2 MByte 4 MByte
formatierte Kapazität 720 kByte 1,44 MByte 2,88 MByte
Daten-Transfer-Rate 250 kbit/s 500 kbit/s 1 Mbit/s
Sektoren pro Spur 9 18 36
Spuren pro Seite 80, was einer Spurdichte von 135 TPI (Track per Inch) entspricht
Spur-zu-Spur-Zeit 3 ms
Umdrehungszahl pro Minute 300 U/min

Eine 3,5" Diskette enthält 85 Spuren, davon werden nur 80 benutzt. Sollte beim Formatieren eine fehlerhafte Spur entdeckt werden, wird sie beim Nummerieren ausgelassen. Die benutzten Spuren werden von 0 bis 79 nummeriert (außen beginnend), die Nummerierung der Sektoren beginnt ab 1.

Angesteuert werden diese Laufwerke über Controller. Anfangs musste eine Steckkarte eingesetzt werden. Etwa seit 1985 befindet sich der Controller auf der Hauptplatine. Diese Controller sind für das Kodierungssystem zuständig, welches aus den Magnetflussumkehrungen die Datenbits berechnet.

Die Diskette hat wie jedes nicht abgeschirmte magnetische Speichermedium einen großen Nachteil: Anfälligkeit gegenüber Magnetfeldern. Selbst das extrem schwache Erdmagnetfeld verändert über die Jahre die magnetische Ausrichtung auf einem solchen Datenträger.