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Medizinische Informatik: Pubmed

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Allgemeines über Pubmed

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Vorteile: Pubmed ist sehr umfassend , kostenlos, 
online zugänglich, medizinische Abstracts seit 1966

PubMed ist eine englischsprachige textbasierte Datenbank mit medizinischen Artikeln der nationalen medizinischen Bibliothek der Vereinigten Staaten. (  National Library of Medicine, NLM). (ref McEntyre, J. & Lipman D. (2001): PubMed: bridging the information gap. In: CMAJ. Bd. 164, S. 1317-1319. PMID 11341144 PDF) Entwickelt wurde die Datenbank durch das nationale Zentrum für Biotechnologische Informationen (  National Center for Biotechnology Information, NCBI). PubMed ist die kostenfreie Version der Datenbank   MEDLINE.

Die Datenbank ist zu erreichen über   NCBI-Entrez, dem zentralen Suchsystem für die wichtigsten medizinischen Datenbanken einschließlich PubMed, PubChem, Nukleotid- und Protein-Sequenzen, Protein-Strukturen, Komplexe Genome und andere.

PubMed selbst dokumentiert medizinische Artikel in Fachzeitschriften und ist mit Links auf Volltextzeitschriften ausgestattet. Es handelt sich um eine   bibliografische Referenzdatenbank (Nachweis von Zeitschriftenartikeln: etwa 15 Millionen „Zitate“).

Beginn 1966

Das Sachgebiet umfasst

  • Medizin,
  • Zahnmedizin,
  • Veterinärmedizin,
  • öffentliches Gesundheitswesen,
  • Psychologie,
  • Biologie,
  • Genetik,
  • Biochemie,
  • Zellbiologie,
  • Biotechnologie,
  • Biomedizin usw.

Verzeichnet sind etwa 3.800 biomedizinische Zeitschriften. Jährlich wächst PubMed um rund 500.000 Dokumente. Die Verschlagwortung erfolgt nach   Medical Subject Headings (MeSH).

Jeder Eintrag in der PubMed ist eine PubMed-ID Nummer (PMID) zugeordnet.

Bedienung

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Die Bedienung von Pubmed ist recht einfach: Für eine erste Abfrage gibt man ein Stichwort ein und klickt auf "GO".

Siehe auch http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.section.pubmedhelp.Searching_PubMed

Hilfetexte

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Eine ausführliche Anleitung findet man unter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/pubmedhelp.html, komplexere Suchanfragen mit logischen Verknüpfungen (AND,OR, NOT) lassen sich bei http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/medline.html eingeben. Neben den bibliographischen Daten kann auf Wunsch auch der komplette Abstract mitangezeigt werden.

Suche nach bestimmten Stichwörtern

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In Pubmed einfach das Stichwort eingeben und suchen lassen. Sehr praktisch ist die Suchmöglichkeit nach Related Artikels = Verwandten Artikel

Die englischen Stichwörter zu den deutschen Worten bekommt man am besten über die MESH Terms

Erst deutsches Wort eingeben. Einen gefundenen Artikel anschauen und im Medline Format darstellen .

Dort finden sich die Angaben MH : Stichworte. Jetzt kann man die passenden englischen Worte wählen und erhält ein umfassenderes Suchergebnis.

zB Katzenkratzkrankheit ==> kein Ergebnis

Wenn das nicht klappt muß man sich das Wort in einem Lexikon übersetzen lassen: zb http://dict.leo.org/ ==> kein Ergebnis

Oder man sucht erst mal im Roche Lexikon , dort steht immer der englische Begriff dabei: cat scratch disease

Den gefundenen Begriff gibt man dann wieder in PubMed ein.

Kombination von Stichwörtern

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In Pubmed einfach die 2 Wörter hintereinander eingeben

zb type 2 diabetes

Suche nach einem bestimmten Autor

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In Pubmed einfach den Namen eingeben , evt Fachgebiet dazu eingeben

zb Bachmann Diabetes

Besser wird das Ergebnis durch Zugabe des ersten Buchstabens des Vornamens zb 

Bachmann W Diabetes

Alternativeingabe zb : AU = Bachmann

Suche nach einem bestimmten Dokument dessen UI Nummer man kennt

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Jedes Dokument in Pubmed hat eine bestimmte Nummer.

Früher hieß diese Nummer ND = Number of document

Jetzt heißt Sie UI = Unique Identifikation

Diese Nummer wird immer in der letzten Zeile der Abstract Ansicht angezeigt. Sucht man zB den Artikel mit der Nummer UI = 96151741, dann gibt man ins Suchfeld folgendes ein: UI = 96151741

Eingrenzung der Suche an Hand der Jahresangabe

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In Pubmed auf der ersten Seite Entrez Date limit: auswählen

Eingrenzung an Hand der Sprache ( zB Englisch , Deutsch )

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Sprache = Language [LA] Die Sprache in der der Artikel veröffentlicht wurde. Beachten Sie das viele Nichtenglische Artikel trotzdem ein englisches Abstrakt haben. Beachten Sie : Man kann auch einfach die ersten drei Buchstaben einer Sprache eingeben zb ger [LA] , man erhält dasselbe Ergebnis wie mit german [LA] :

Beispiel : cat scratch disease AND german[LA]

Man erhält alle deutschen Artikel über die Katzenkratzkrankheit.

Das funktioniert kürzer auch mit : 

cat scratch disease AND ger[LA]

Man erhält alle Artikel über die Katzenkratzkrankheit in deutscher Sprache

Eingrenzung an Hand der Zeitschrift ( zB Lancet oder NEJM)

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Der Zeitungstitel wird unter Source SO abgespeichert.

Will man zB alle Artikel aus dem Lancet haben , gibt man folgendes ein:

  • SO = lancet

Will man alle Artikel über den Herzinfarkt, die im Lancet veröffentlicht wurden , gibt man folgendes ein: 

acute myocardial infarction AND SO = lancet

Weitere Zeitschriften Titel:

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  • SO = N Engl J Med ( New England Journal of Medicine )
  • SO = Z Kardiol ( Zeitschrift für Kardiologie )
  • SO = Med Klin ( Medizinische Klinik )
  • SO = Dtsch Med Wochenschr ( DMW)

Das Deutsche Ärzteblatt ist nicht in Medline zu finden !

Datenbank aller Pubmed Zeitschriften:

Pubmed Journal Database Browser http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/jbrowser.html

Bestellung der Orginalarbeit über die BSB oder die ZBM

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ACHTUNG: die Bestellung einer Orginalarbeit ist nicht ganz billig !

Literatur

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Siehe auch

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